“國內轉基因能研究不能生產的局面有了破解口……有多個轉基因抗蟲玉米品種正在進行申請安全證書的沖刺。拿到安全證書以后，如果順利通過品種審定，就可進入產業化種植。”這條消息足以讓轉基因支持者為之振奮。和其他轉基因研發的舉措一樣，這條信息也招來轉基因反對者的抨擊。在“反轉”呼聲不絕于耳，且消費者對轉基因產品不信任的背景下，政府有關轉基因的抉擇顯得底氣不足。

　　轉基因技術與從前的品種改良在根本上的不同，在于其從最初就瞄準了目的基因，且可以將完全異種的生物基因進行轉換，使微生物的有用基因導入生物。轉基因生物不能直接投放市場。轉基因玉米等轉基因植物能否最終進入產業化種植，取決于其轉基因安全性是否得到保障和確認。《中共中央國務院關于加大改革創新力度加快農業現代化建設的若干意見》提出，加強農業轉基因生物技術研究、安全管理、科學普及。“轉基因可以說是大有發展前途的新技術、新的產業”。而新食品安全法則增加規定：“生產經營轉基因食品應當按照規定顯著標示。”該法也對未按規定進行標示的設置了罰則。這就為轉基因食品的生產經營設置了法定義務，也提供了法律支撐，也設置了相應的適用規范。

　　實際上，農業部對轉基因作物生產應用安全證書的發放有嚴格的程序，然而，由于轉基因生物技術本身具有較強的不確實性，加之沒有法律明確規定，安全管理和科學普及不到位，導致轉基因領域眾說紛紜，難有定論。“很多科學家不出來說，說了也沒幾個人聽，而非科學的、名人的話誰都聽，結果公眾很疑惑”的現象在所難免。農業部官員認為，轉基因安全有定論，即通過安全評價獲得安全證書的轉基因食品是安全的，“可以放心食用”。但是，在黃樂平訴農業部轉基因政府信息公開行政訴訟案中，農業部的觀點似乎缺乏這方面的信心。根據《農業轉基因生物安全管理條例》規定，農業部只負責農業轉基因生物安全的審批，對進口數量沒有審批權限，也不知道歸哪個部門管，實際上進口數量屬于市場化運作，沒有任何一個部門掌握具體的進口數量。

　　為建構讓消費者放心、安心、可信賴的轉基因食品監管機制，應當在轉基因生物進口規制、轉基因作物的產業化種植等重大決策的程序完善上狠下功夫，要“健全依法決策機制。把公眾參與、專家論證、風險評估、合法性審查、集體討論決定確定為重大行政決策法定程序，確保決策制度科學、程序正當、過程公開、責任明確”。

　　關于轉基因食品的安全問題，不能是個人說了算，而應該是專業的權威機構說了算。農業部官員的該論斷有道理，應當予以支持。對政府的舉措一律持反對排斥態度，是不可取的。但是，僅有“權威機構說了算”還不夠，還要搞好公眾參與，切實做好風險評估、合法性審查和集體討論決定。如此抉擇，就沒有必要避諱政府信息公開了。并且，從安全管理和科學普及的角度考慮，應當做好宣講工作，讓消費者充分了解轉基因生物。

　　風險是新技術不可避免的伴隨物。轉基因食品的安全性是消費者最關心的問題，而轉基因生物的風險管理還包括其對環境、生態系、農業經濟的影響。解決這些問題，既要強調“權威機構說了算”“經過嚴格的科學實驗和把關”，又要注重建立健全風險交流機制，導入利益衡量機制，將該技術所帶來的利益與不利進行綜合比較。為確保風險交流機制的實效性，“要讓正反意見客觀呈現”，創造該領域的專家與各相關方面人士“以對等的立場進行討論的場所”。