2007年底，海關總署發布2007年第74號公告，對部分化肥及制肥原料的出口關稅稅率進行調整。公告規定：“尿素自今年1月1日至3月31日實行30%的暫定關稅，自4月1日至9月30日實行35%的暫定關稅，自10月1日至12月31日實行25%的暫定關稅；磷酸二銨、磷酸一銨及磷酸一銨與磷酸二銨的混合物自今年1月1日至3月31日實行20%的暫定關稅，自4月1日至9月30日實行30%的暫定關稅，自10月1日至12月31日實行20%的暫定關稅。”

2008年2月18日，國務院關稅稅則委員會發布通知，規定2008年2月15日至9月30日期間，磷酸二銨、磷酸一銨及磷酸一銨與磷酸二銨的混合物的出口暫定稅率提高至35%。此外，通知還規定，對部分含磷復合肥開征出口暫定關稅，2008年2月15日至9月30日實行35%的稅率。

2008年4月2日，國務院關稅稅則委員會宣布，從2008年4月1日起至2008年12月31日，對過磷酸鈣和鉀肥征收30%的出口暫定關稅。

2008年4月17日財政部宣布，經國務院批準，國務院關稅稅則委員會作出決定，在2008年4月20日至9月30日國內用肥旺季內，對所有貿易形式、地區、企業出口的所有化肥及部分化肥原料在現有出口稅率基礎上，加征100%的特別出口關稅。

2008年8月30日，國務院關稅稅則委員會發布通知，規定從9月1日起，將氮肥及合成氨的特別出口關稅上調至150%，并實施至12月31日。按照通知要求，2008年10月1日至12月31日，對除氮肥及合成氨外的其他化肥及化肥原料繼續征收100%特別出口關稅。

2009年06月23日，海關總署發出通告，自2009年7月1日起，對部分產品的出口關稅進行調整：“取消部分化肥及化肥原料的特別出口關稅，主要包括黃磷、磷礦石、合成氨、磷酸、氯化銨、重過磷酸鈣、二元復合肥等，共計27項產品。同時，對黃磷繼續征收20%的出口關稅，對其他磷、磷礦石繼續征收10%～35%的出口暫定關稅，對合成氨、磷酸、氯化銨、重過磷酸鈣、二元復合肥等化肥產品(包括工業用化肥)統一征收10%的出口暫定關稅。調整尿素、磷酸一銨、磷酸二銨等3項化肥產品征收出口關稅的淡、旺季時段，將尿素的淡季出口稅率適用時間延長一個月，磷酸一銨、二銨的淡季出口稅率適用時間延長一個半月。”